色林错位于羌塘高原南部、扎加藏布下游终点，海拔4530米，面积1640平方公里，是西藏第二大湖。流域面积45530平方公里，居西藏内陆水系首位。流域内有许多河、湖串通，组成了一个内陆湖群。历史上湖面曾达1万平方公里左右，但正面临着旱化、矿化、湖面退缩的过程。与藏北其他湖泊相比，流域内水网密度较大。主要入湖河流有扎加藏布、扎根藏布、波曲藏布等。扎加藏布全长409公里，是西藏最长的内流河，发源于唐古拉山，于色林错北岸入湖。河水年平均流量为26.7立方米/秒，夏季深度2-2.5米，春季深度0.5-1米。
色林错亦为大型深水湖，湖心区水深在30米以上，透明度7-8，矿化度18.3-18.8克/升，属咸水。
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