讲究的人家除了为建筑搭建骨架穿上外衣，还会为建筑本身描绘上精致的花纹、裱上与建筑特色相称的装饰。如此，一栋典型的藏式风格建筑才能算是完工。寺庙，也不例外。
在科迦寺内大大小小不同殿堂里绘制着不同题材的壁画，拉康钦莫殿堂一层廊道的第三重门框上雕有精致的木雕，觉康配殿内供奉着三怙主立像……作为信徒们信仰的对象与凭依，这些精美的佛像艺术使科迦寺变得完整。
孔雀河畔立明珠
科迦寺位于我国西藏自治区阿里地区享誉“雪围”之美名的普兰县的孔雀河北岸，东南毗邻尼泊尔，西南接近印度，地理位置独特。
这座传说是阿里一百零八寺的母寺的寺庙，与耶玛寺、塔波寺并称为后宏期上路弘法的三大寺，由仁钦桑布在一天里同时开光加持。
根据阿里相关历史典籍的记载，科迦寺的多个殿堂由不同创建人在不同时间先后建造起来的。最早的科迦寺是由普兰王科日于藏历火猴年（公元996年）创建，当时称为益辛伦杰珠巴殿堂。随后，科日王的儿子拉德王建造了仁钦泽拜祖拉康殿堂，并把银质的文殊菩萨像供奉在里面。史书记载，大译师仁钦桑布还在科迦建造了噶玛大殿，这或许是修缮了益辛伦杰珠巴大殿堂；同时还把护法神多杰玉珍迎请到科迦寺，做为该寺的主要护法神。在此期间大译师仁钦桑布与印度大学者和他的藏族徒弟一同翻译的佛教经籍存于《甘珠尔》和《丹珠尔》中。
从11世纪末到12世纪末的这段时间里，普兰王系与哲贡噶举派和擦巴噶举派的关系更加密切。科迦寺成为萨迦派的寺庙，则是后来的故事了。
穿梭殿堂
科迦寺主要由觉康大殿堂和拉康钦莫大殿堂两个部分组成。
刻有科迦寺的石碑立于觉康门侧。觉卧殿堂坐南朝北，状如坛城，有十二个高低起伏的檐角。跨进垂花门里，穿过小院，进入立有金刚持和马头明王像的门廊。穿过两侧分立四大天王的通道进入殿堂。配殿内供奉着银质三怙主像。殿后是又窄又暗的内转经道，顺时针转到东侧一扇小门，沿梯往上进入到女护法神多杰钦莫殿。
觉卧殿外部的东侧有石梯，沿着梯子往上爬，可达二层。这里有木柱廊道及房间。延梯再往上可到屋顶。
拉康钦莫大殿堂坐西朝东，与觉康大殿几乎紧挨在一起，仅一条狭窄的通道分开。两者的东南夹角处是新建的玛尼拉康殿堂。两者的西北夹角处是有一座小广场，这是寺庙平时举行重大仪式和跳村民轩舞以及僧人恰姆舞的地方。
主殿内，西侧的中间配殿里供有弥勒佛，故又叫弥勒殿，在弥勒殿南边有度母殿，北边有护法殿。在大经堂的南北两边各有一个殿堂，分别为般若佛母殿和七佛殿。
拉康钦莫建筑的第二层是不同用途的多间房间。东边是外覆玻璃结构的甘珠尔殿。该殿的东墙是玻璃质地，以便僧人及游客观赏东边壮阔美丽的自然景观，也可以一览无余地俯视寺庙广场上的一切。这里面供奉着有名的度母像。北边是丹珠尔殿。南边和北边是僧舍和仓库。
拉康钦莫殿堂后有八座新建的佛塔。西北边有一座简易的厨房。
惊世艺术
科迦寺内大大小小不同殿堂里有着众多的佛像艺术，并因此闻名世界。这些壁画、木雕、佛像，作为信徒们信仰的对象与凭依，使科迦寺变得完整并且有了自己存在的意义。
木雕
在拉康钦莫殿堂一层廊道的第三重门框上雕有精致的木雕。门楣有3道门楣，共9层装饰，门框两侧的雕饰共分7层，整体从内而外呈现出逐层增高之势。
上部的第一道过梁素面无纹。第二道宽15厘米的长条木板上浮雕16个兽面及相连的三叶龛。第三道的11个板面上共雕刻佛传故事17个情节。主佛两侧各5个人字披形神龛。龛之间的三角空间内浮雕了俯仰生姿的飞天妓乐。各外龛的边缘均用连珠纹来装饰。第四道由四大块组合而成，刻画了《罗摩衍那》故事中从妹妹向十首王告密到哈努曼在无门九层宫殿发现悉达的17个情节。第五道的7块凸出方块上由忍冬纹、平板、栀子花纹、半三角形与半圆形连珠纹构成的四层装饰间隔开。第六道上装饰简单，仅在底部装饰连续忍冬纹。第七道横板上连续雕刻人字披形神龛15个，高浮雕了大龛9个、小龛4个，有浅浮雕的半龛2个，对称布置。大龛内是除恶趣清静曼荼罗的9尊佛像。小龛为各类侍立的菩萨或天女像。像两侧有各式柱，龛楣有各种花饰，龛间依然是飞天。龛的下边沿为栀子花纹装饰。宽18.5厘米。中龛台座前边刻忍冬纹，其他龛台座前刻四菱形瓣花型。第八道横板上凸出5块方块，雕五方佛形象。方块之间雕饰由忍冬纹、素板、四菱形瓣花纹、连珠半圆形纹饰构成的装饰带来装饰。两端为内侧柱柱头。第九道横板上有连续的金刚杵装饰带。
门框处有七层木雕。
第一排木板是素面。第二排木板分别由2根带有柱头的内外立柱及9根横枋组成的抱框。外立柱上雕57个《龙喜记》故事情节。内立柱与横枋皆宽8厘米。内立柱连续雕各种人物、动物与宝瓶、法螺等组成的10组二方连续装饰带。16个横枋雕《罗摩衍那》情节。短柱与横枋围成的方格内应镶嵌雕花木板18件。现存2块佛传故事—分别表现下兜率天与荼毗两个场景。第三排木板上雕刻四菱形瓣花纹。第四排木板上雕团花及忍冬纹，并在门楣第4部分之下形成屋檐托木的建筑构造。第五排上雕刻忍冬纹木方条。第六排上，藤状植物构成的圆形龛内刻各种坐姿的菩萨。两侧菩萨共32尊，与同门楣上的五方佛构成了一个完整的37尊金刚界曼荼罗。顶部仍为托木形。第七排则是珠纹装饰的金刚杵雕饰带。
踏遍喜马拉雅山脉无数寺院的意大利考古学家图齐先生，初见科迦寺此门时依然激动不已，“该殿按照任钦桑布设计的模式建造，还有大门是唯一的古老之物，仍然还存在，毫无疑问，这是西藏西部最杰出的作品之一……整个印度都没有一扇门，可以和科迦寺这座门相媲美”。高度赞扬之语，透露出眼力劲卓的图齐对祖拉康门雕的极度肯定。
壁画艺术
觉康殿内东西两侧壁是存放寺院的丹珠尔与甘珠尔的经架，恰恰也是转经道的开端与末端，所以需低头弯腰方能进入下方的转经道。出了经架墙方能直立身体。
转经道的后壁非一面墙壁。据说以前孔雀河水泛滥，水灾威胁殿堂故原殿被封堵，并在前新建配殿，用来供奉三怙主像。所以说转经道后壁之后是觉康最初的殿堂，但目前仍封存未开。
原配殿被堵，墙面上精美的壁画也随即完全覆盖。现由于众多游客转经此道，不同外物的触碰与摩擦导致外露墙上和旧墙缝隙间现出原有壁画。目前可见部分，造型独特，色彩艳丽，十分生动而古朴，应属于科迦寺大殿堂内早期创建时期的原始壁画。
